Учебная программа Академии состоит из лекций по актуальным проблемам суперкомпьютерных технологий и высокопроизводительных вычислений, углубленных научных школ, мастер-классов и тренингов по конкретным темам применения суперкомпьютерных технологий и разработки параллельных алгоритмов и программ для высокопроизводительных вычислительных систем. Основное внимание в учебной программе Академии уделяется проблемам построения сверхмасштабируемых приложений для решения актуальных вычислительно-сложных задач с целью разработки и реализации принципов суперкомпьютерного кодизайна для развития сквозных цифровых технологий и создания высокопроизводительных вычислительных платформ для предсказательного моделирования и применения искусственного интеллекта.

В программу Академии входит научная конференция, на которой участники Академии смогут представить свои научные работы. Лучшие работы будут рекомендованы для публикации в сборниках работ, издаваемых в МГУ.